便攜式藍綠藻分析儀由便攜式主機以及藍綠藻傳感器組成。是利用藍藻在光譜中有吸收峰和發射峰這一特性，發射特定波長的單色光照射到水中，水中的藍藻吸收該單色光的能量，釋放出另外一種波長的單色光，藍綠藻發射的光強與水中藍藻的含量成正比。